医療機関や福祉施設が充実した人吉市では、医療・福祉業の従業者が多く、人吉球磨地域全体の福祉を支えています。また、自然が豊かで昔から農業や林業が盛ん。近年では最先端技術を活用した「スマート林業」にも取り組んでいます。
中心市街地には温泉旅館をはじめ多くの飲食店が立ち並び、宿泊業や飲食業に従事する人が多いのは観光地ならでは。城下町として栄えたため伝統的産業も多く、500年の歴史を持つ球磨焼酎は市の工業出荷額の多くを占めています。
市では「梢山工業団地」「人吉中核工業用地」といった工業用地を整備し、南九州三県の中継都市としての好立地を生かした企業誘致も進めています。
